pKD46含有温度敏感型的复制起点oriR101，在３０℃培养时可以正常复制，而高于３７℃时会自动丢失。在pKD46上还含有受araB启动子调控的exo, bet, gam基因，它们通过Ｌ-阿拉伯糖诱导表达，并携带氨苄青霉素抗性基因作为筛选标记
